Muzeum powstało z inicjatywy sekcji „Zabytki Militarne” Stowarzyszenia „Przyjaciele Helu” dzięki pomocy i wsparciu burmistrza Helu i władz gminy miejskiej Hel. Regulamin muzeum zatwierdził Minister Kultury i Dziedzictwa Narodowego Bogdan Zdrojewski 27 lutego 2009 roku
We wnętrzach obiektów muzeum znajduje się ponad 15 stałych wystaw oraz eksponaty nawiązujące do historii militarnej Rejonu Umocnionego Hel i Polskiej Marynarki Wojennej.
11 listopada 2006 roku, w święto Niepodległości Polski, zarząd Muzeum Obrony Wybrzeża podjął uchwałę o nadaniu Muzeum Obrony Wybrzeża imienia komandora Zbigniewa Przybyszewskiego, bohaterskiego obrońcy Helu, straconego niewinnie w 1952 roku w wyniku sfingowanego procesu przed stalinowskim sądem wojskowym.
