Pierwotnie Muzeum powstało jako muzeum regionalne. Podstawą zbiorów stały się zabytki archeologiczne pochodzące z wykopalisk na terenie wczesnośredniowiecznego Kołobrzegu prowadzonych przez prof. Lecha Leciejewicza oraz kilkanaście zabytków pochodzących z przedwojennego muzeum wydobytych z gruzów przez zasłużonego działacza krajoznawstwa Jana Frankowskiego.
Muzeum zlokalizowano w odbudowanej specjalnie w tym celu XV- wiecznej kamieniczce przy ul. ppor. Emilii Gierczak 5. Początkowo planowano nadać placówce charakter historyczno-miejski, później historyczno-morski. Ostatecznie w 1966 r. zdecydowano się na profil historyczno-wojskowy.
