Muzeum w Ostródzie jest samodzielną instytucją kultury powołaną 20 września 2000 roku na bazie istniejącej wcześniej Agencji Ochrony Dóbr Kultury – Izba Muzealna. Organem założycielskim jest Gmina Miejska Ostróda. Obecne położenie miasta na przecięciu dwóch szlaków wiodących z południa z Warszawy do Gdańska i z zachodu w głąb północno-wschodniej Polski powoduje, że miasto jest ważnym miejscem na mapie regionu. Powstanie muzeum miejskiego stało się więc naturalną potrzebą.
